中心实行校院二级管理。（1）实行主任负责制，突出科教融汇的管理模式。中心主任由学院领导担任，负责中心建设的顶层设计，统一调配实验教学资源。中心成员相对稳定，建立了KB体育网页登录、公共卫生与健康科学学院、图书馆、循证中心协同共建的工作机制，定期研究实验教学中心建设与实验教学改革问题。（2）成立了实验教学指导委员会，对中心教学和管理工作进行指导和监督。（3）完善了实验教学开放运行的政策、经费和人事等保障机制，优化实验教学质量保证体系。

在学校实验教学和实验室管理制度框架下，中心相继修定了KB体育网页登录国有资产管理系列制度文件《中医信息应用实验中心管理制度》和《中医信息应用实验中心安全管理制度》《中医信息应用实验中心开放工作实施办法》《中医信息应用实验中心实验系列新入职人员培养方案》等，为中心管理提供制度依据。